कमरे के तापमान पर, स्क्वालीन एक स्पष्ट, रंगहीन से हल्के पीले रंग का तैलीय द्रव होता है जिसमें मछली के जिगर के तेल जैसी विशिष्ट गंध होती है; यह ऑक्सीकरण के प्रति अत्यधिक संवेदनशील होता है। संरचनात्मक रूप से, यह छह आइसोप्रीन इकाइयों से बना होता है और इसमें छह दोहरे बंध होते हैं, जिससे यह अत्यधिक अस्थिर होता है। यह पानी में अघुलनशील है लेकिन डाइएथिल ईथर, एसीटोन और कार्बन टेट्राक्लोराइड जैसे कार्बनिक विलायकों में आसानी से घुलनशील है।